Science Park Jönköping påbörjades våren 1999 som ett utvecklingsprojekt. Den 31 juni 2000 var det konstituerande mötet för bildandet av den ideella föreningen Science Park-systemet i Jönköpings län. Föreningen bildades av Högskolan i Jönköping, Jönköpings kommun, Landstinget, Handelskammaren och Företagarnas Riksorganisation. Föreningen äger i sin tur ett aktiebolag, Science Park Jönköping AB, som driver Science Park Jönköping.

I juni 2008 separerades ägandet mellan SP-systemet och Science Park Jönköping AB. Två nya huvudägare: Jönköpings kommun och Högskolan i Jönköping bildar en ny ideell förening som ägare till Science Park Jönköping AB.

Styrelsen för Science Park Jönköping AB är:

Johan Svedberg (ordförande), Handelskammaren/Svedberg Företagspartner
Ann-Marie Nilsson, Jönköpings kommun
Juha Alatalo, Högskolan i Jönköping
Per-Arne Andersson, Kinnarps AB
Peter Olsson, Tekniska Högskolan, Högskolan i Jönköping
Carina Lundeholm (adjungerad), CCJ Kommunikation AB